Ju 88A: mẫu máy bay ném bom chính sử dụng động cơ Jumo 211.
Ju 88A-0: giống Ju 88A.
Ju 88A-1: đời đầu tiên của Ju 88 với động cơ 895 kW (1,200 hp) Jumo 211B-1.
Ju 88A-2: sử dụng động cơ Jumo 211G-1.
Ju 88A-3: thay đổi thiết bị phụ tùng, bàn điểu khiển đôi.
Ju 88A-4: làm mới động cơ, thêm độ dài sải cánh, thêm khoang để bom A-15.
Ju 88B: động cơ như cũ, súng được trang bị thêm 1 khẩu, là mẫu chính của Ju 188 sau này.
Ju 88B-0: giống như Ju 88B.
Ju 88C: được phát triển thành máy bay đánh bom hạng nặng và đánh đêm. Thiết kế và động cơ giống Ju 88A chỉ khác đầu máy bay.
Ju 88C-1: biến thể của Ju 88A được trang bị 2 động cơ BMW 801MA, chưa bao giờ được sản xuất.
Ju 88C-2: phiên bản đánh đêm đầu tiên.
Ju 88C-4: phiên bản do thám, đánh bom chiến đấu.
Ju 88C-5: phiên bản đánh bom chiến đấu, được trang bị thêm động cơ và súng.
Ju 88C-6a: giống Ju 88C-5.
Ju 88C-6b: phiên bản đánh đêm.
Ju 88C-6c: giống Ju 88C-6b.
Ju 88C-7a: phiên bản máy đánh bom.
Ju 88C-7b: giống Ju 88C-7b.
Ju 88C-7c: phiên bản ném bom hạng nặng.
Ju 88D: phiên bản do thám, dựa trên khung máy bay Ju 88A-4.
Ju 88D-1: biến thể của Ju 88D.
Ju 88D-2: phiên bản máy bay do thám dựa trên khung Ju 88A-5.
Ju 88D-3: phiên bản máy bay do thám nhiệt đới dựa trên khung Ju 88A-4.
Ju 88D-4: phiên bản máy do thám nhiệt đới dựa trên khung Ju 88A-5.
Ju 88D-5:...
Ju 88G: phiên bản đánh đêm, thân máy bay mới, đuôi máy bay Ju 188, 4 súng.
Ju 88H: phiên bản máy bay chiến đấu-do thám, dựa trên khung máy bay Ju 88G.
Ju 88H-1: phiên bản máy bay do thám, sải cánh dài.
Ju 88H-2: phiên bản máy bay chiến đấu.
Ju 88H-3: giống Ju 88H-1.
Ju 88H-4: phiên bản ném bom.
Ju 88P: phiên bản máy bay chiến đấu và rải bom chiến lược với 1 khẩu Bordkanone cỡ nòng 50mm-75mm và 2 khẩu cannon 37mm. Chỉ một số lượng nhỏ được sản xuất.
Ju 88P-1: phiên bản chiến đấu hạng nặng với một khẩu Bordkanone 75mm và một khẩu BK 75 cannon.
Ju 88P-2: phiên bản máy bay chiến đấu với một khẩu Bordkanone 50mm BK5.
Ju 88R: biến thể của Ju 88C với động cơ BMW 801.
Ju 88S: máy bay đánh bom tốc độ cao dựa trên khung máy bay Ju 88A-4, nhưng động cơ khác một chút: hai bộ tản nhiệt được thêm vào, đầu máy bay kim loại, bộ tăng thế GM-1. Tất cả các biến thể đều có tốc độ rất cao.
Ju 88S-0: được trang bị hai động cơ BMW 801D, một khẩu 13mm được đặt ở trần máy bay và 14 quả bom SD65 (65 kg/143Ib).
Ju 88S-1: được trang bị hai động cơ BMW 801G, bộ tăng thế GM-1 và mang được 2 quả bom SD1000 1,000 kg (2,200 lb).
Ju 88S-2: được trang bị 2 bộ tăng áp BMW 801TJ.
Ju 88S-3: được trang bị hai động cơ,671 kW (2,240 hp) Juma 213A và một bộ tăng thế GM-1.
Ju 88T: phiên bản do thám có 3 ghế ngồi dựa trên khung máy bay Ju 88S.
Ju 88T-1: dựa trên khung máy bay Ju 88S-1 có khoang để bom, sử dụng nhiên liệu GM-1 (chuyên dùng cho thiết giáp).
